Para executar o seu projeto diretamente no console do Eclipse C++, faça o seguinte:
Procure na barra de ferramentas por Window e clique em Preferences.
Abrirá uma nova janela.
Clique no '+' ao lado de General.
Procure por Keys.
Na lista de Funções, agora aberta, procure por "Run..." com os três pontinhos mesmo.
em Binding, coloque a(s) tecla(s) que deseja utilizar para executar o projeto.
Eu escolhi F10, para ficar perto do F9.
-Aperte OK
Agora aperte a combinação de teclas escolhida.
Vai aparecer uma janela 'Run Configurations'
Clique no '+' o lado de C/C++ Local Applications no canto direito da tela.
Aparecerá New_configuration.
Ao lado esquerdo clique no 'Browse...' de cima e escolha o projeto que você está trabalhando.
Logo em seguida, clique no 'Browse...' de baixo e escolha o arquivo binário préviamente gerado pelo comando de Compilar ( F9 ). e clique em Run.
Depois de ter feito isso uma vez, sempre que quiser executar o projeto, aperte F10 ( ou o que você escolheu ) e Enter 2 vezes.
O projeto ficará rodando no próprio console do Eclipse.
Obs: Scanf e Cin funcionam perfeitamente.
Procure na barra de ferramentas por Window e clique em Preferences.
Abrirá uma nova janela.
Clique no '+' ao lado de General.
Procure por Keys.
Na lista de Funções, agora aberta, procure por "Run..." com os três pontinhos mesmo.
em Binding, coloque a(s) tecla(s) que deseja utilizar para executar o projeto.
Eu escolhi F10, para ficar perto do F9.
-Aperte OK
Agora aperte a combinação de teclas escolhida.
Vai aparecer uma janela 'Run Configurations'
Clique no '+' o lado de C/C++ Local Applications no canto direito da tela.
Aparecerá New_configuration.
Ao lado esquerdo clique no 'Browse...' de cima e escolha o projeto que você está trabalhando.
Logo em seguida, clique no 'Browse...' de baixo e escolha o arquivo binário préviamente gerado pelo comando de Compilar ( F9 ). e clique em Run.
Depois de ter feito isso uma vez, sempre que quiser executar o projeto, aperte F10 ( ou o que você escolheu ) e Enter 2 vezes.
O projeto ficará rodando no próprio console do Eclipse.
Obs: Scanf e Cin funcionam perfeitamente.